Der Bau des Karl-Heine-Kanals geht auf die Initiative des namensgebenden Leipziger Industriepioniers und Rechtsanwalts zurück, der bereits ab Mitte des 19. Jahrhunderts die Herstellung einer schiffbaren Verbindung zwischen Weißer Elster und Saale verfolgte. Nach dem ambitionierten Baubeginn 1856 und der Einweihung des ersten Abschnitts in Leipzig-Plagwitz kam das Projekt schließlich 1898 unvollendet zum Stillstand. Dabei erschwerten die Grundgebirgsdurchragungen mit der Grauwacke im Leipziger Westen die Arbeiten.
Aufgrund der geringen Dimensionierung wurden die Bauaktivitäten auch in späteren Zeiten nicht wieder aufgenommen, so dass der Kanal durch Abwassereinleitungen und zunehmende Verlandungen immer mehr verkam. Erst seine Sanierung nach 1990 änderte die Situation grundlegend, indem abwechslungsreiche urbane Landschaften mit instand gesetzten Bauwerken zwischen Brücken und Stelzenhaus vom Wasser aus wieder erlebbar wurden und fortan den individuellen und Ausflugsbootsverkehr anzogen. Hinzu kam ein attraktiver uferbegleitender Radweg auf einem Teilabschnitt. Allerdings blieb es vorerst bei der „Sackgassensituation“, die erst mit dem 2012 begonnenen und 2015 vollendenden Durchstich zum Lindenauer Hafen beendet wurde.
Der Lindenauer Hafen wurde im Zuge der Baumaßnahmen am Elster-Saale-Kanal zwischen 1938 und 1943 angelegt, blieb aber gleichfalls unvollendet. Das vorgesehene zweite Hafenbecken und die beiden Industriehäfen wurden nicht realisiert; die Kanalanbindungen in beiden Richtungen blieben vakant. Die fertiggestellten Speicher- und Lagergebäude wurden bis nach 1990 genutzt und verfallen seither. Auch der Entwicklungsimpuls im Zuge der Leipziger Olympiabewerbung für 2012 mit den Planungen für das Olympische Dorf kam letztlich nicht zur Wirkung.
Seit 2007 wird das Konzept einer Nutzungsmischung für den Kernbereich mit Gewerbeflächen im Anschluss an die Speicher, Mischgebiet als Bindeglied und reinem Wohngebiet bis zur Plaustraße verfolgt. Damit entsteht an der Ostseite des Hafens ein neues Stadtquartier mit Anbindung an den Stadtteil Lindenau, das auch Gastronomie, Stadtvillen und -häuser einschließt. Städtebauliche Wettbewerbe flankierten die Entwicklung.
Im Norden des Hafenbeckens ist die Errichtung eines technischen Hafens mit 200 Bootsliegeplätzen als künftige „MARINA Leipzig-Lindenau“ vorgesehen. Hier in unmittelbarer Nähe der historischen Speichergebäude sollen auch touristische Basiseinrichtungen und maritimes Gewerbe untergebracht werden, die mit Slipanlage und Wassertankstelle einen Komplettservice bieten.